Sejarah sekolah ini bermula sejak tahun 1965 apabila sekolah ini digunakan secara rasminya. Tujuan pembinaan sekolah ini pada awalnya adalah bagi menyediakan tempat belajar bagi murid-murid. Penggunaan sekolah ini bermula pada 1 Januari 1965 apabila seramai 517 murid dari Sekolah Parit Raja berpindah ke sekolah ini. Bilangan guru seramai 27 orang termasuk 3 orang guru pelatih serta 3 orang kakitangan pejabat. Encik Hassan bin Othman telah dipertanggungjawabkan sebagai pengetua pertama di sekolah ini.
Pada awalnya, sekolah ini diberi nama Sekolah Menengah Kebangsaan Parit Beting dan telah dirasmikan pada 29 Julai 1968. Pemilihan nama Bendahara Tun Perak adalah berkaitan dengan sejarah negeri Melaka. Dengan jasa-jasanya dan kebaikan Tun Perak diharap dapat menjadi contoh kepada pelajar-pelajar sekolah ini.
Sekolah ini telah dilengkapi dengan bangunan asrama sejak 1968. Pembinaan asrama telah diberi kemudahan kepada pelajar yang tinggal berjauhan dan pelajar-pelajar dari Sabah dan Sarawak. Kini sekolah ini berkembang pesat sejak tahun 1986 dan telah menerima pelajar Tingkatan 6 aliran sastera. Dengan adanya pelajar Tingkatan 6 kini menjadikan sekolah ini dinaikkan taraf ke sekolah menengah GRED A.
Setelah 29 tahun usia sekolah ini telah diterajui oleh 4 orang pengetua iaitu En Hassan (1965-1979), Tuan Haji Hashim (1980-1986), Tuan Haji Hussin (1986-1991) dan Tuan Haji Haron (1991). Bilangan pelajar juga bertambah sehingga 1 400 orang yang belajar dari tingkatan peralihan hinggalah ke tingkatan 6 atas.
LAGU SEKOLAH
Sebagai pelajar nan berazam
Tanamlah cita-cita
Berusaha penuh daya
Supaya kita berjaya
Tanamlah cita-cita
Berusaha penuh daya
Supaya kita berjaya
Masa hadapan gemilang
Rajinlah menuntut ilmu
Maju Sekolah Tun Perak
Itulah yang kita tuju
Rajinlah menuntut ilmu
Maju Sekolah Tun Perak
Itulah yang kita tuju
Jungjunglah cita-cita abadi
Untuk ibu pertiwi
Untuk ibu pertiwi